Un laboratoire d'analyse, au sein du parc des Services techniques à Vovray, permet d'effectuer des auto-contrôles. Ces investigations complètent le programme de surveillance de la qualité de l'eau prescrit et réalisé à un rythme précis par l'autorité sanitaire en toute indépendance.
Tout au long de l'année, des prélèvements sont effectués pour contrôler la qualité aux points de distribution (sortie de robinet) et aux points de production (sortie de réservoir et sortie d'usine de traitement).
Les prélèvements sont soumis à deux types d'analyses :
» la partie bactériologique a pour but de mettre en évidence la présence éventuelle de germes ;
» la partie physico-chimique permet, par exemple, de caractériser la minéralisation de l'eau et de détecter la présence de substances indésirables.
L'eau du Lac d'Annecy subit, avant son traitement, tout une série d'analyses qui permettent de suivre ses caractéristiques. Bien que cela ne soit pas obligatoire, le service de l'eau utilise, en plus de ces résultats, les données d'une station d'alerte qui surveille en permanence certains paramètres considérés comme cruciaux.